大部分CAESAR II可执行模块从Microsoft 16位FORTRAN转换成WATCOM 32位FORTRAN，使软件所需的DOS RAM从577k降至475k。
下面是3.21版中转成32位操作的模块简述：
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静态应力计算模块（1）
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管道、埋地和钢结构输入模块（3）
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管道错误检查程序（1）
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荷载工况和动态输入模块（1）
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所有CAD接口（8）
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中性文件接口程序（2）
3.21版支持新客户的ESL。这使得CAESAR II具有全面的联网功能。软件先检查当地ESL（无论从哪个用户），再检查网络ESL。
为了实现联网操作，非指定任务的数据文件现存放在CAESAR II安装目录下的SYSTEM子目录中。这些数据文件包括输入列表格式文件（*.INP）、费用数据文件、打印机格式文件、文件处理模板文件及各种标题文件。
这些文件的共同之处在于它们是安装指定的，而不特定于某个数据目录。在3.21版之前，软件在安装目录中操作这些文件（有时由用户直接操作）。但是，很多网络设施的安装目录具有“写保护”，无法修改这些文件。因此，将文件存放在SYSTEM子目录下，用户可以完全访问。
CAESAR II 3.21版可以在本地计算机（用任何用户的本地ESL）或网络（有网络ESL）中运行。这些改变能使同一版本可在不同的配置下运行。
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增加了英国Carpenter & Paterson的弹簧数据库。
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增加了UBC（统一建筑规范）地震谱。
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增加B31.5管道规范。
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核查了管道规范附录，并对软件进行必要的更改。 修订的附录包括：ASCE #7、B31.1、B31.8、ASME NC和ASME ND。
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管道预处理程序中内置了“其他”处理程序（主菜单的选项C）的SIF暂存器。该程序包括了所有支持的管道规范（不仅仅是前期版本的B31.1和B31.3）和所有管件。另外，还可以选择把暂存器数据直接传输到CAESAR II主数据表。
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下面是输入管道预处理程序的其它变更：
问题的大小取决于自由扩展内存大小--原来的400个单元上限增加到8000个单元。
硬拷贝时自动关闭图形菜单。
可选择显示支架、固定架、弹簧和管嘴的节点号
主表单中可显示功能键映射
辅助输入表单支持帮助
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彻底重写了计费系统进一步简化了界面。 另外，应力计算模块中开始记录计费统计数据（早期版本仅记录实际的矩阵分解时间）。
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全面修订API-617和NEMA-SM23报告，以确保使用非英制单位制时符合规范。
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新增了ASME第8卷的“法兰刚度”系数。
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用新的载入程序（C2.EXE）代替旧的载入程序（C2.COM）。 新的加载程序执行初始启动检查，必要时输出诊断报告，可从主菜单中启动错误处理。
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修改配置程序以监测变更。如果在做出更改后尝试用[Esc]取消，则软件将提示这些更改不能保存。
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文件管理器中增加了图形浏览器。这样，可以直接从主菜单（Main Menu）的文件管理器快速进入模型图形浏览。
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新增其他指令，以禁用“目录页”生成功能和禁用表格功能键映射的显示功能。